Известна с XVI в. В 1775 г. король Станислав Август отдал деревню Годуни обозному литовскому М. С. Лопате (привилей 1775 г.). В 1782 г. королевский привилей подтвердил право на это владение М. С. Лопаты сроком на 50 лет. Императрица Екатерина II в 1794 г. подтвердила привилей уже на пожизненное владение. В 1795 г. Годуни — деревня Бобруйского староства, в ней насчитывалось 4 двора, 12 душ мужского и 15 — женского пола. В XIX в. Годуни входили в имение Качай-Болото, совместное владение Веры Анненковой и Николая Бухарина. В 1844 г. в деревне насчитывалось 3 тяглых двора и 1 двор бобылей. По состоянию на 1870 г. Годуни входили в Моисеевскую сельскую общину и были приписаны к Чернинской православной церкви.

В апреле 1942 г. немецко-фашистские захватчики сожгли всю деревню и уничтожили 48 жителей.